Mikrobiota jelitowa jest całokształtem mikroorganizmów żyjących w jelitach ludzi oraz zwierząt. U zwierząt takich jak świnie oraz drób, zawiera ona ok. 1000 różnych gatunków bakterii. Zakładając, że każdy składnik mikroflory jelitowej ma ok. 3000 genów, całkowity mikrobiom jest reprezentowany przez ok. 3 000 000 genów, co przekracza ilość 100-krotnie wielkość genomu żywicieli.

Mikroflora jelitowa odgrywa ważną rolę dla gospodarza. Może zapewniać dodatkowe składniki odżywcze z pożywienia, które z drugiej strony mogą nie być trawione przez gospodarza, może zapewniać źródło witamin lub innych specyficznych metabolitów oraz może dodatkowo pobudzać układ odpornościowy jelit swojego gospodarza. W końcu, interakcje między różnymi składnkami mikroflory mogą ograniczyć rozwój szkodliwych gatunków bakterii. Rozwój, skład oraz prawidłowe funkcje mikroflory jelitowej jest tym samym najważniejszy dla jej gospodarza.
Rozwój systemów intensywnej produkcji zwierzęcej skutkuje obniżoną możliwością skutecznego przekazywania mikroflory od rodziców na potomstwo; pisklęta wykluwające się w „sterylnym” środowisku klujnika są tu skrajnym przykładem. Nieobecność naturalnych składników zdrowej mikroflry jelitowej, jej suboptymalny rozwój lub modyfikacja składu przez antybiotykoterapię mogą oddziaływać na ogólny status zdrowotny pojedynczych osobników, co może skutkować zaburzeniami, trudnymi do skojarzenia z konkretnym powodem. Dlatego interesuje nas skład mikroflory u kurcząt i świń w różnym wieku lub różnej wydajności.

Nasze wyniki celują w podobieństwa i różnice w rozwoju mikroflory jelitowej kurcząt i świń. U obu gatunków, pierwszym zasiedlaczem jest E. coli i u obydwu gatunków ob tość E. coli znacząco spada po pierwszym tygodniu życia. Następnymi zasiedlaczami są reprezentanci G+ Firmicutes oraz G-Bacteroidetes. Większość rodzin z rodzaju Firmicutes zawiera Ruminococcaceae, Lachnospiraceae, Veilonellaceae oraz Lactobacillaceae. Większość rodzin z rodzaju Bacteroidetes zawiera Bacteroidaceae, przeważające u ssących prosiąt oraz Prevotellaceae przeważające u prosiąt po odsadzeniu i dorosłych świń. Porphyromonadaceae jest najmniej powszechnym przedstawicielem mikroflory jelitowej świń. (Wykres 1, na lewo).

1

Rozwój mikro ory jelitowej u kurcząt od drugiego tygodnia życia jest wyraźnie inny niż u świń. W fermowej produkcji kurcząt , różne Gram dodatnie Firmicutes przeważają w jelitach ślepych. Jednakże skład rodzin zasiedlających jelita jest taki sam jak u świń i zawiera Ruminococcaceae, Lachnospiraceae, Lactobacillaceae oraz Veilonellaceaceae, którzy pojawiają się jako ostatni. Gram ujemne bakterie z rodzaju Bacteroidetes pojawiają się później, u około 1-miesięcznych kurcząt. W przeciwieństwie do świń, pierwsi zasiedlacze pochodzą z rodziny Rikenellaceae, za nimi Barnesiellaceae, Bacteroidaceae, Prevotellaceae i Porphyromonadaceae. Nie ma wzorca dla rozwoju lub przewagi Bacteroidaceae lub Prevotellaceae u kurcząt. Co interesujące, kiedy badano rozwój mikro ory jelitowej u kurcząt mających kontakt z dorosłymi kurami, rozwój był bardzo szybki i 1-tygodniowe pisklęta miały tę samą mikro orę jelitową jak dorosłe kury (Wykres 2). To ukazuje, że również nowo wyklute pisklęta 

mogą być zasiedlone przez mikroflorę jelitową, jednak konsekwencje dla statusu zdrowotnego i ogólnej wydajności nie są znane i są tematem bieżących doniesień w ramach projektu PROHEALTH.
 

2