La microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos que se desarrollan en el interior del intestino de humanos y animales. En cerdos y aves abarcan un conjunto de 1.000 especies distintas de bacterias. Considerando que la microbiota está compuesta por una media de 3.000 genes, para el  total de la microbiota presente supondría unos 3.000.000 de genes, lo cual supera en 100 veces el número de genes del huésped.

La microbiota intestinal juega un papel importante para sus huéspedes. Proporciona nutrientes adicionales procedentes del pienso, los cuales de otra forma no podrían ser digeridos. Finalmente, las interacciones entre las diferentes especies dentro de la microbiota pueden restringir el crecimiento de bacterias dañinas. El desarrollo, la composición y el correcto funcionamiento de la microbiota intestinal es por tanto de gran importancia para sus huéspedes.

El desarrollo de los sistemas intensivos de producción animal provocó una reducción de la posibilidad de transmisión de microbiota de los progenitores a su descendencia; como ejemplo extremo se podría tomar el de pollos nacidos en ambientes limpios en las incubadoras. La ausencia de fuentes naturales de microbiota intestinal sana, el desarrollo subóptimo de la microbiota intestinal o la modificación de su composición mediante el empleo de antibióticos afecta al estado de salud de los animales, lo cual puede ocasionar desórdenes difíciles de asociar a una problemática particular. Por este motivo, este proyecto se ha interesado en el estudio de la composición de la microbiota intestinal en aves y cerdos de distintas edades y rendimientos.

Nuestros resultados apuntan hacia las similitudes y diferencias en el desarrollo de la microbiota intestinal en cerdos y pollos. En ambas especies, el primer colonizador de la microbiota intestinal es Escherichia coli y en ambas especies, la abundancia de Escherichia coli disminuye significativamente después de la primera semana de vida. Los siguientes colonizadores en cerdos incluyen representantes de Gram-positivos Firmicutes y Gram-negativos Bacter­oidetes. Las familias principales del phylum Firmicutes incluyen Ruminococcaceae, Lachnospiraceae, Veilo­nella­ceae y Lactobacillaceae. Las familias principales del phylum Bacteroidetes incluyen Bacteroidaceae dominando en lechones lactantes y Prevotellaceae dominando en lechones post-destete y cerdos adultos. Porphyromonadaceae es la última familia común presente en la microbiota del intestino del cerdo (figura 1 izquierda).

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El desarrollo de la microbiota intestinal en pollos desde la segunda semana de vida es aparentemente diferente a la de los cerdos. En producción avícola comercial, diferentes Firmicutes Gram positivos dominan en el ciego. Sin embargo, la composición familiar es la misma que en los cerdos e incluye Ruminococcaceae, Lachnospiraceae, Lactobacillaceae y Veilonellaceae con representantes de Veilonellaceae apareciendo entre los últimos. Gram Negativas del género Bacteroidetes aparecen posteriormente, aproximadamente al mes de edad. A diferencia de los cerdos los primeros colonizadores son originarios de la familia Rikenellaceae seguidos de Barnesiellaceae, Bacteroidaceae, Prevotellaceae y Porphyromonadaceae. No existe ningún patrón de desarrollo o dominancia de Bacteroidaceae o Prevotellaceae en pollos (figura 1 derecha).

Curiosamente, cuando evaluamos el desarrollo de la microbiota intestinal en pollos que estuvieron en contacto con gallinas adultas, el crecimiento fue muy rápido y los pollos de una semana de edad tenían la misma microbiota que un animal adulto (figura 2). Esto muestra claramente que los pollos recién eclosionados también pueden ser poblados por una composición de microbiota propia de adultos, pero las consecuencias para el estado de salud y el crecimiento global del animal aún no se conocen y están siendo objeto de investigación dentro del proyecto PROHEALTH.

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